Aresztowany 22 X 1939 r. ks. Feliks Zaremba, proboszcz parafii w Wąbrzeźnie, był internowany wraz z innymi księżmi w Dębowej Łące. Więziony następnie w obozach koncentracyjnych Stutthof, Sachsenhauesen i Dachau, został wyzwolony w29 IV 1945 r. Zginął jednak tragicznie od zabłąkanej kuli w 24 VIII 1945 r. w oflagu w Murnau. Kościół parafialny zamknięty został po aresztowaniu proboszcza, tj. po 22 IX 1939 r. Administrator diecezji chełmińskiej biskup Splett utrzymywał proboszczów w kościele parafialnych przez okres okupacji:

Ks. Konrada Kamińskiego od 13 III 1940 r.

Ks. Jana Mollerfelda od 8 I 1941 r.

Ks. Petera Zorna od 14 VI 1941 r. Do pomocy proboszczowi został wyznaczony w 1941 r. ks. Paweł Lappas w charakterze wikariusza, który jednocześnie obsługiwał parafie w Niedźwiedziu i Dębowej Łące. Wąbrzeźno było jedną parafią w powiecie, który uzyskał zgodę na procesję wokół kościoła. W kościele parafialnym hitlerowcy dokonali grabieży mosiężnych i 6 zabytkowych, cynowych lichtarzy. 28 V 1942 r. zrabowali trzy dzwony, pozostawiając zabytkowy dzwon z 1706 r. Poza tym uszczuplili archiwa parafii, zabierając księgi chrztu z lat 1751-1875, ślubów z lat 1775-1875, pogrzebów z lat 1763-1875. Ofiarom wojny 1939-1945, poległym i pomordowanym parafianom z Wąbrzeźna, poświęcony jest pomnik z rzeźbą Chrystusa niosącego krzyż oraz tablicami, na których wymienia się 360 nazwisk- pomnik zlokalizowany jest w północnej części przykościelnego placu.