Osadnictwo zaczęło się tu już na początku IX wieku. Między jeziorami Zamkowym i Wąbrzeskim zbudowano we wczesnym średniowieczu gród. Po raz pierwszy Wąbrzeźno zostało wymienione 19 IV 1246 r. Wielki mistrz krzyżacki Henryk von Hohenlohe, przekazał pierwszemu biskupowi chełmińskiemu Heidenrykowi (1245-1263) na rozwój powstałej diecezji chełmińskiej 600 łanów. Chrześcijaństwo istniało już przed sprowadzeniem Zakonu Krzyżackiego, jako wynik działalności misyjnej przeprowadzonej przez biskupów płockich, a następnie polską prowincję dominikańską i samego biskupa Chrystiana. W 1251 r. biskup Heidenryk ufundował w Wąbrzeźnie drewnianą kolegiatę, ale niestety po krótkim czasie funkcjonowania spłoneła, następnie przystąpiono do budowy kolejnego kościoła, jego ruiny SA widoczne w prezbiterium. Świeci apostołowie Szymon i Juda Tadeusz SA patronami tego kościoła od chwili jego konserwacji Az do dziś. Początki XVI w. zaowocowały budowa zamku, od polowy XVII był on rezydencja biskupów chełmińskich. 1246 r. dla Wąbrzeźna jest ważna data uzyskało ono prawo lokacyjne. Nowy przywilej został wystawiony na podstawie prawa chełmińskiego przez Jana Dantyszka. Z inicjatywy Piotra Kostki zostało założone "Bractwo literackie". Utrzymywało ono własnych księży i organistów. Jego głównym celem było nabożeństwo do Naiświentrzej Maryi Panny (NMP). Na początku nowożytności był zorganizowany obok kościoła szpital dla biednych parafian, a w okresie międzywojennym lazaret jannitów. Wizytacje kanoniczne odnotowują szkołą stojącą na wysokim poziomie która posiada rektora i nauczycieli. Kościół katolicki, ewangelicki i synagoga znajdowały się tutaj w roku 1885. Obszar jednolitej parafii wąbrzeskiej w 1987 r. podzielony został na dwie części. Granica podziału przechodzi niemalże przez środek miasta. Część wschodnia Wąbrzeźna z przyległymi wsiami należy do parafii p.w. Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza, część zachodnia należy do parafii p.w. Matki Boskiej Królowej Polski. Z parafii wywodzi się o. Bernard z Wąbrzeźna, urodzony w 1575 r., zmarły 2 VI 1603 r. w opinii świętości w klasztorze benedyktyńskim w Lubieniu, oraz Bernard Koperowski, benedyktyn, naśladowca bł. Bernarda - zmarły 12 IX 1666 r. Ok. 1700 r. urodził się w Wąbrzeźnie Jan Letyński, mistrz złotnictwa, od 1742 r. działający w Toruniu, twórca m.in. 15 rokokowych monstrancji, zmarły w 1794 r. W tym mieście urodził się również w 1864 r. Walther Hermann Nernst, sławy niemiecki fizyk i chemik, autor III zasady termodynamiki, wynalazca, laureat nagrody Nobla, a także biskup Jerzy Dąbrowski (26 IV 1931 - 14 II 1991r.)