W kościele parafialnym znajduje się sanktuarium Matki Bożej Brzemiennej, której łaskami płynący obraz umieszczony jest w głównym ołtarzu. Pochodzi z XVI w. Od dawna był czczony w pobliskim Kowalewie, skąd w 1685 r. za zezwoleniem biskupa Jana Opalińskiego został przeniesiony w uroczystej procesji do wąbrzeskiej fary. Z tym cudownym obrazem NMP związany jest przywilej papieża Innocentego XI z 1684 r. sankcjonujący istnienie Bractwa Niepokalanego poczęcia NMP, krzewiącego kulty maryjny według swoich prastarych tradycji.
Prawdziwym klejnotem wąbrzeskiej fary jest obraz Matki Bożej. Niepokalana (Immaculata) depcze głowę węża, w prawej dłoni trzyma biała lilię, a Jej głowę otacza aureola z gwiazd dwunastu (por. Ap 12,1). Cześć Maryi w prastarej wąbrzeskiej parafii kwitła na długo przed przybyciem obrazu. W 1593 roku powstało tu Bractwo Literackie. Jego prawa i obowiązki zatwierdził w Lubawie biskup Piotr Kostka. Jednym z głównych celów Bractwa było szerzenie kultu Matki Bożej poprzez m.in. uczestnictwo w niedziele i święta w uroczystej Mszy wotywnej o Bogurodzicy oraz śpiewanie po łacinie Godzinek ku czci Panny Maryi. W 1667 roku w miejsce Bractwa Literackiego erygowano w Wąbrzeźnie Bractwo Niepokalanego Poczęcia Maryi Panny. Zatwierdził je w 1684 roku papież Innocenty XI. Statut bractwa został odnaleziony przez współczesnego proboszcza i stanowi jeden z podstawowych dokumentów parafii.
Ożywienie kultu maryjnego nastąpiło po przeniesieniu cudownego obrazu Matki Bożej z pobliskiego Kowalewa Pomorskiego do Wąbrzeźna. Uroczystość miała miejsce w szóstą niedzielę po Wielkanocy, 3 czerwca 1685 roku. Aktu tego dokonano za specjalnym zezwoleniem biskupa chełmińskiego Kazimierza Jana Opalińskiego. Ksiądz J. Fankindejski, na podstawie Księgi Bractwa Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny podaje, że - "Już poprzedniego dnia w sobotę, poczyniono w kościele kowalewskim należyte przygotowania. Ludu bardzo wielka moc się zebrała. Pod wieczór wzięli Matkę Najświętszą jakby z tronu Jej dotychczasowego i nieśli w uroczystej procesji do Wąbrzeźna. Duchowieństwo towarzyszyło temu pochodowi. Zaraz rano następującego dnia, w niedzielę, wyszła naprzeciw cała parafia wąbrzeska ze swoim proboszczem. (...) Ksiądz Ignacy Gliński przywitał z wielką czcią i nabożeństwem przybywający do wąbrzeskiego kościoła obraz cudowny. W końcu zaintonował Te Deum. Pochód ruszył teraz do Wąbrzeźna. Ludu pobożnego tak wiele postępowało, że ani kościół, ani cmentarz dość obszerny nie mógł ich zmieścić. Suma odprawiała się jedna w kościele, a druga na cmentarzu, także i kazania były dwa w czasie nabożeństwa".
Historia przekazała też opis niezwykłego zdarzenia przy tej okazji: "Kiedy obraz w bardzo wielkiej procesji z Kowalewa do wąbrzeskiego kościoła był prowadzony... żyto już wykłosowało. Tysiące ludu towarzyszyły temu pochodowi. A nie mogąc drogą się zmieścić, po najbliższych łanach przy drodze po życie postępowali. Płakali wtedy wąbrzescy gospodarze, iż cały plon utracą. Lecz, o cudo! Kiedy na drugi dzień w pole wyszli, widzieli, że podeptane żyto tak się podniosło, jakby nikt nie był przeszedł. A plon tego żyta miał być daleko obfitszy, aniżeli gdzie indziej. Wszyscy przypisywali to cudownej łasce Matki Boskiej Wąbrzeskiej".
Wymieniane są także uzdrowienia: dwuletniego synka Marianny Mroczkowskiej, ustąpienie kalectwa Katarzyny Pryby, prawie natychmiastowe uzdrowienie Michała, syna Barbary Wiśniewskiej, przywrócenie wzroku Julianie z Trzcianka. Cudowność wąbrzeskiego obrazu potwierdzają także liczne wota; wiele z nich zaginęło.
Osobliwością obrazu wąbrzeskiego jest przedstawienie Matki Bożej w stanie brzemiennym. Na fakt ten zwrócono szczególną uwagę dopiero po przeprowadzeniu prac konserwatorskich w 1971 r. Duszpasterze tutejszej parafii, na czele z księdzem kustoszem doktorem Janem Kalinowskim, są przekonani, że znak ten należy odczytać w obecnym czasie jako "nowe objawienia Matki Bożej" i szczególne wyzwanie odnoszące się do obrony podstawowej wartości - życia ludzkiego; wyzwanie rzucone wobec fali pogardy dla bezbronnego i niewinnego człowieka. Zdają sobie sprawę z ogromnej szansy, jaka stoi przed sanktuarium, ale też z wielości zadań. Starają się wraz z całą wspólnotą parafialną, a zwłaszcza członkami Bractwa Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, zorganizować taki ośrodek, z którego będzie emanowała zdrowa nauka o świętości i godności życia ludzkiego. Pragną, "aby stało się ono miejscem, w którym można by bez zacietrzewienia, w aspekcie pozytywnym, dyskutować o ochronie życia od poczęcia do naturalnej śmierci; uczyć szacunku dla tej najwyższej wartości".
Reaktywowania, a zarazem ukierunkowania działalności wąbrzeskiego sanktuarium do nowych zadań - obrony życia - dokonał 21 lutego 1993 roku biskup młodej diecezji toruńskiej Andrzej Wojciech Suski. Okazją była uroczystość 400-lecia Bractwa Literackiego, przemienionego -jak już wspomnieliśmy - w Bractwo Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Podczas Mszy świętej koncelebrowanej, wraz z kapłanami związanymi z tutejszym sanktuarium, ksiądz biskup wygłosił homilię, w której wzywał do budowania cywilizacji miłości, do szerzenia kultury chrześcijańskiej, przeciwstawiania się cywilizacji śmierci, uwrażliwiania sumienia n świętość i nietykalność życia ludzkiego. Następnie dokonał uroczystego przyjęcia do Bractwa stu nowych członków, sam także wstąpił w jego szeregi. W księdze pamiątkowej napisał: "Matce Bożej Brzemiennej z wąbrzeskiego sanktuarium, Piastunce każdego życia ludzkiego, zawierzam odnowioną dziś działalność Bractwa Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, by krzewiąc kult maryjny, według swoich prastarych tradycji czterech stuleci, tworzyło zarazem w społeczeństwie klimat sprzyjający życiu i otwarty na życie".
Warto podkreślić, iż w poczet członków Bractwa została także przyjęta tegoż roku profesor Alicja Grześkowiak z Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, marszałek Senatu RP, odważna rzeczniczka ochrony prawnej życia ludzkiego od samego poczęcia aż do jego naturalnej śmierci. Wygłosiła też referat pt. "Matka i jej dziecko".
Przy sanktuarium powstał ośrodek Duchowej Adopcji Dziecka Poczętego, który modlitwą broni życia dzieci nienarodzonych. Do Wąbrzeźna napływają listy z całej Polski z prośbami i podziękowaniami za łaski otrzymane za przyczyną Matki Bożej Brzemiennej. W 1994 roku delegacja parafii wraz z księdzem proboszczem ofiarowała Papieżowi Janowi Pawłowi II obraz Niepokalanej z Wąbrzeźna.
Parafia Wąbrzeska jest dobrze zorganizowaną wspólnotą wiernych. Naukę religii w szkołach prowadzą, oprócz księży, katecheci. Działa Rada Duszpasterska i grupa synodalna oraz Stowarzyszenie Rodzin Katolickich. Młodzi mogą wykazać swoją inwencję i zaangażowanie w Katolickim Stowarzyszeniu Młodzieżowym i oazowym ruchu Światło-Życie, a także w chórze i scholi. Nie zapomina się tu o rodzinach wielodzietnych i dzieciach niepełnosprawnych. Troskliwa opieką otoczeni są ludzie chorzy i samotni. Parafia wydaje miesięcznik "Witaj".
Główny odpust w sanktuarium przypada w uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny - 15 sierpnia. W wigilię święta odprawiana jest wieczorem Msza święta przy grocie Matki Bożej z Lourdes, połączona z procesją różańcową ze świecami. Wtedy też odbywa się składanie przyrzeczeń Duchowej Adopcji Dziecka Poczętego.
W zakolu po wschodniej stronie Jeziora Zamkowego ruiny gotyckiego Zamku Biskupów Chełmińskich (1303-1311) w postaci umocnień ziemnych, a w przyziemiu -zarysu prostokątnego budynku zamkowego i ośmiobocznej baszty. Rozebrano go w 1792 r. Wśród obiektów ciekawych pod względem historycznym i zabytkowym, znajdujących się na terenie parafii wyróżnić można także XIX-wieczne dwory w miejscowościach Nielub i Wronie.